あらまし

ゲノム情報学における高速データ処理

宇野 毅明 

Vol.92 No.2pp.125-130

発行日:2009/02/01

Online ISSN:2188-2355

Print ISSN:0913-5693

種別:解説

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キーワード:
相同性検索ゲノム配列類似性解析アルゴリズム高速計算

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あらまし:
近年の計測機器技術の発展により,巨大なゲノムデータを短時間で読み取れるようになった.その結果,解析するのも難しいような巨大なデータが蓄積されてきており,その増加速度は計算機の性能向上を凌駕している.効率的なデータ解析には基礎データ処理アルゴリズムの改良が有効だが,計算量の観点からは改良が不可能なものも多く,現実的な高速化のためには,現実的な状況設定を活用した高速アルゴリズム,現実的高速アルゴリズムをベースにしたモデル作りが重要である.本稿では,巨大なゲノムデータの類似構造を検出する問題について,応用と現在主流となっている手法を,現実的なアルゴリズム高速化の観点から紹介する.また,筆者が開発した新しい類似性解析手法について,実データでの高速性とその理由を合わせて解説する.

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