あらまし
ゲノム情報学における高速データ処理
Vol.92 No.2pp.125-130
発行日:2009/02/01
Online ISSN:2188-2355
Print ISSN:0913-5693
種別:解説
専門分野:
キーワード:
相同性検索, ゲノム配列, 類似性解析, アルゴリズム, 高速計算,
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あらまし:
近年の計測機器技術の発展により，巨大なゲノムデータを短時間で読み取れるようになった．その結果，解析するのも難しいような巨大なデータが蓄積されてきており，その増加速度は計算機の性能向上を凌駕している．効率的なデータ解析には基礎データ処理アルゴリズムの改良が有効だが，計算量の観点からは改良が不可能なものも多く，現実的な高速化のためには，現実的な状況設定を活用した高速アルゴリズム，現実的高速アルゴリズムをベースにしたモデル作りが重要である．本稿では，巨大なゲノムデータの類似構造を検出する問題について，応用と現在主流となっている手法を，現実的なアルゴリズム高速化の観点から紹介する．また，筆者が開発した新しい類似性解析手法について，実データでの高速性とその理由を合わせて解説する．
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